امام خمینی از یک سو احیاگر اندیشه حکومت اسلامی در عصر خود و بنیانگذار نظام جمهوری اسلامی بوده و وظیفه چنین حکومت و نظامی را اجرای احکام و ارزش‌های اسلامی و حفظ و تأمین مصالح ملت و کشور می دانست و اختیار حکومت برای دستیابی به این اهداف را محدود به احکام فرعی و فقهی نمی‌دانست و اقدامات حکومت اسلامی در مسائلی مانند خیابان کشی، مالیات و نظام وظیفه را مشروع و مواجه میدانست چرا که حکومتی که دستانش بسته باشد به اهداف و وظایف خود نمی‌تواند جامع عمل بپوشاند. و اما از سوی دیگر ایشان انذار و هشدار می دهد که نباید میان مقامات معنوی اولیای خاص الهی و مناصب اعتباری فقهای واجد شرایط خلط نمود و پنداشت آنان هم از مقامات معنوی و خلافت کبرای الهی حظی دارند.