نظارت بر دانشگاه آزاد از آن موضوعات پیچیده‌ای است که نه مسئولان این دانشگاه تمایلی به آن دارند و نه مسئولان و نهادهای متولی نظارت در سال‌های طولانی که از عمر این دانشگاه می‌گذرد نسبت به آن رغبت نشان داده‌اند. پس نتیجه این شده که دانشگاه آزاد برای خود حکومتی خودمختار دارد و متولیانی همچون وزارت علوم، شورای عالی انقلاب فرهنگی و حتی مجلس شورای اسلامی فقط تماشاچی وقایع شده‌اند.‌