کانون‌های پنهانی که از دیرباز، بقای خود را در نابودی اسلام و مسلمین می‌دیدند وقتی شکوه و تمدن اسلامی را بر جهان تاریک و تیره قرون وسطی حاکم دیدند که علت آن همانا آمیختگی دین با علم، هنر، سیاست، اجتماع و زندگی بود و دریافتند مرکز تئوریک این امتزاج نیز حوزه‌های علمیه‌ای هستند که علوم دینی را زمینه‌ساز سایر علوم کرده وعلمای دینی فارغ‌التحصیل این حوزه‌ها نیز هر‌یک در شاخه یا شاخه‌هایی از علوم تجربی یا دقیقه و مانند آن، دانشمند و اندیشمند هستند، به این نتیجه رسیدند که برای مضمحل کردن آن تمدن اسلامی، راهی نیست جز آن‌که ریشه‌های آکادمیک و تئوریک تمدن فوق، یعنی حوزه‌های علمیه (که در واقع موتور محرک تمدن اسلامی یا کارخانه‌های تمدن‌سازی به‌شمار می‌آیند) مورد هجوم قرار داده و در همانجا دین را از علوم و هنر جداساخته و طرح تئوری دیرین خود، یعنی جدایی دین از زندگی (که در اروپای رنسانس عملی کرده بودند) را در شرق اسلامی نیز به اجرا گذارند.