خودحق‌پنداری و دیگرباطل‌پنداری چنان در اندیشۀ میرباقری موج می‌زند که برخی حتی در تشبیه او به مرحوم مصباح یزدی هم دچار تردید شدند چون آیت‌الله فقید در عین اشتهار به نگاه خاص و نفی پلورالیسم و تکثر دینی در بنیان اندیشه خود به معنی سیاسی کلمه اقتدارگرای مطلق نبود بلکه آن مسیر را برای به قدرت رسیدن و در رقابت با اندیشه‌های دیگر برگزیده بود درحالی‌که در آنچه میرباقری می‌گوید بنیادگرایی بی‌هیچ اما و اگری مشهود است.