تفاوت‌های میان دو مکتب نجف و قم، امروزه نیز به قوت خود پابرجاست. مکتب قم در سال ۱۳۵۷ شمسی به آرزوی خود مبنی بر داشتن حکومت اسلامی و اجرا کردن تئوری ولایت فقیه رسید و مراجع و روحانیت حوزه‌های علمیه در این شهر در طول ۴۰ سال پس از پیروزی انقلاب اسلامی تمام سعی و تلاششان در جهت تعامل حداکثری با حاکمیت بود.