این همایش در روز نخست برگزاری خود (چهارشنبه ۲۹ فروردین ماه)، در دو نوبت صبح و عصر کارگروه‌های علمی- تخصصی گوناگونی را با عناوین «مطالعات سیاسی و اجتماعی بقیع»، «مطالعات معاصر بقیع»،«مطالعات دینی»، «مطالعات بین‌المللی»،«شخصیت شناسی مدفونان بقیع» و «مطالعات تاریخی تمدنی بقیع» برگزار کرد.