یکی از چالش‌های جدی در ایام انتخابات و حکمرانی دولت نهم و دهم در سال‌های ۱۳۸۴ تا ۱۳۹۲ مبنا قرار گرفتن و دامن زده شدن به اندیشه‌ها یا شِبه‌اندیشه‌هایی بود که ظاهر دینی داشت ولی هیچ یک از عالمان شناخته شده دینی که مرجعیت فکری و دینی متدینان را بر عهده داشتند آن‌ها را به رسمیت نمی‌شناختند.