آقا سید علی قاضی در ابتدا تحت تربیت پدر خود بود و از آن طریق به آقا محمد بیدآبادی و در نهایت با مکتب عرفانی صدرالمتالهین آشنا شد بعدها هم تحت اشراف سید احمد کربلایی واحدالعین قرار گرفت و از طریق ملا حسینقلی همدانی و ملا هادی سبزواری در بحر اندیشه ملاصدرا غوطه‌ور شد.