اجرای برنامه ملی سلامت خانواده و نظام ارجاع، که جایگزین برنامه پزشکی خانواده شده است، با انتقادات کارشناسان حوزه سلامت مواجه شده و نقدهایی نسبت به این برنامه مطرح است.