دانشگاه معارف اسلامی تحت نظارت نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها برای ترم مهر ۱۴۰۳ از طریق آزمون ورودی اختصاصی کارشناسی‌ارشد دانشجو می‌پذیرد.