در طی دوره‌ای که اداره قوه قضاییه بر عهده شورایعالی قضایی بود (۱۳۵۹-۱۳۶۸)، دادگاه‌های انقلاب هیچ‌گاه زیر نظر شورا قرار نگرفت. حکم قضات و دیگر مقامات قضایی دادگاه‌های انقلاب توسط امام خمینی (و در دوره‌ای به نیابت از ایشان توسط آیت‌الله‌العظمی منتظری) صادر می‌شد.