فابیو کاناوارو در 3 جام جهانی 1998، 2002 و 2006 همراه تیم ملی ایتالیا بود. اولین بازی ملی او در برابر ایرلند شمالی در سال 97 بود که تنها گل ملی او هم در همان بازی به ثمر رسید. فابیو با بازی در فینال جام جهانی 2006 در 100 بازی ملی خود شرکت کرد و به جمع باشگاه صدتایی‌ ها پیوست.