هوتن شکیبا در یک خانواده ای کرد تبار به دنیا آمده و تنها یک برادر به نام هومن دارد که در عرصه تقاشی متبحر است. مادر هوتن شکیبا معلم و پدرش کارمند اداره کشاورزی بود.