بر اساس جداول منتشرشده از بودجه ۱۴۰۳ بودجه پیشنهادی دولت برای موسسه آموزشی و پژوهشی امام خمینی بیش از ۴۳۷ میلیارد تومان است. این رقم در لایحه بودجه سال گذشته، ۱۴۱ میلیارد تومان بوده که افزایش بیش از ۳ برابری را تجربه کرده است. البته در همان سال نیز مجلس از رقم پیشنهادی دولت فراتر رفت و بودجه  ۲۶۸ میلیارد تومانی برای این موسسه تصویب کرد.