یکی از بزرگ‌ترین چالش‌های محیط‌زیستی ایران اختلاف نظر میان مدیران وزارت نیرو و سازمان حفاظت محیط زیست ایران است. دعوای قدیمی که رگه‌هایی از آن را می‌توانید در خشک‌شدن دریاچه ارومیه یا تالاب‌های دیگر ایران ببینید.