از جمله اتهامات مسعود و مریم رجوی، متهم های ردیف دوم و سوم پرونده، می توان به افساد فی الارض، بغی، محاربه از طریق همکاری با دولت خارجی متخاصم، مشارکت در تحریک و تهییج مردم به آشوب، بلوا و اخلال در نظم عمومی، تسبیب در انواع تخریب و تحریق عمدی، در انواع سرقت‌های مسلحانه و غارت اموال عمومی، در اقدامات تروریستی سازمان یافته‌، در هواپیماربایی‌ها، فعالیت تبلیغی و نشر اکاذیب و... را مورد اشاره قرار داد.