ریاست ستاد قطعنامه ۵۹۸ به عهده دکتر روحانی بود که جلسات آن در ستاد قرارگاه خاتم‌الانبیاء برگزار می‌شد و او به عنوان نماینده فرمانده جنگ در مذاکرات شرکت می‌کرد.