فرزند آیت‌الله مرتضی حائری یزدی (و نوه مؤسس حوزه علمیه قم)، عروس امام خمینی(ره) و همسر آیت‌الله سید مصطفی خمینی که همراه پدرش در تبعید بود و در تبعید شهید شد؛ هر کدام این نسبت‌های خانوادگی کافی بود تا معصومه حائری یزدی تحت نظر و مراقبت ساواک باشد.