با وجود این‌که برنامه سلامت خانواده و نظام ارجاع یکی از مهم‌‌ترین اولویت‌های وزارت بهداشت در جهت افزایش دسترسی به خدمات بهداشتی و تقویت نظام شبکه کشور است‌، این برنامه در همان ابتدای راه با چالش‌هایی به‌خصوص در برخی شهرها مواجه است.