یکی از اتهاماتی که علیه شورای نگهبان مطرح می‌شود، جناحی رفتار کردن اعضای آن بوده، در حالیکه اگر نگاهی به عملکرد ادوار مختلف شورا داشته باشیم، می‌بینیم در تمامی انتخابات‌ها رفتار این نهاد به گونه‌ای بوده که جناح‌ها و چهره‌های مختلفی بر سر کار آمدند.