فراهم نبودن زیر ساخت ها، عدم در نظر گرفتن تورم و همچنین عدم بروز رسانی ضرایب مالیاتی با توجه به چالش سرمایه در گردش بنگاه ها و همچنین عدم آموزش و آگاهی کامل اصناف در خصوص سامانه مودیان از جمله چالش هایی است که اصناف در حوزه مالیات با آن درگیر هستند.