فرآیند صدور کارت‌های بازرگانی دارای ایراداتی است که انتقاد فعالان اقتصادی را به‌دنبال داشته‌است؛ از جمله اینکه برای تعیین اهلیت در روند صدور کارت بازرگانی، سازوکار مناسبی وجود ندارد، سامانه‏‏‏‌های صدور و تمدید کارت دچار مشکل هستند و چالش کارت‌های یک‌ساله همچنان ادامه دارد.