مهمترین دستور کاری که دبیر شورای عالی امنیت ملی در دولت چهاردهم خواهد داشت، پرونده هسته‌ای خواهد بود؛ لاریجانی احتمالا از این بابت نامش مطرح می‌شود که در این موضوع از جمله افراد مسلط به شمار می‌رود.